Ordningen omfatter i hovedsak store og tallrike bestander med høy produktivitet, storlaksbestander og bestander med særskilt genetisk karakter. Utvalget av bestander har også en god geografisk fordeling. Følgende 37 elver inngår i ordningen: Enningsdalselva, Numedalslågen, Ogna, Håelva, Figgjo, Etneelva, Vikja, Flåmselva, Årøyelva, Gaula, Eidselva, Oldenelva, Stryneelva, Ørstaelva, Rauma, Driva, Surna, Stordalselva - Nordalselva, Gaula, Stjørdalselva, Figga, Steinkjervassdraget, Årgårdsvassdraget, Roksdalsvassdraget, Målselva, Reisaelva, Kvænangselva, Altaelva, Repparfjordelva, Stabburselva, Lakselva, Børselva, Langfjordelva, Tana, Komagelva, Vestre Jakobselv og Neidenelva.

Oppretting av nasjonale laksevassdrag og laksefjorder innebærer at de laksebestandene som omfattes av ordningen skal beskyttes mot inngrep og aktiviteter i vassdragene og mot oppdrettsvirksomhet i de nærliggende fjord- og kystområdene. I tillegg til å sikres en særskilt beskyttelse mot skadelige inngrep vil disse bestandene også bli prioritert i det generelle arbeidet med å styrke laksebestandene. Dette vil gjelde i forhold til tiltak mot lakseparasitten Gyrodactylus Salaris, restaurering av vassdrag og andre tiltak som er nødvendige for å styrke den enkelte bestand.

I de nasjonale laksevassdragene vil det ikke være tillatt med tiltak og aktiviteter som kan skade villaksen. Det er i proposisjonen gitt en konkret vurdering av alle tiltak man vet kan være til skade for laksen, og kriterier for når tiltak ikke vil kunne tillattes. Det legges ikke opp til absolutte forbud, men en fleksibel forvaltning som gir rom for å tilpasse restriksjonene til forholdene i det enkelte vassdrag. Dette vil danne grunnlaget for iverksetting av nytt regelverk for forvaltning av nasjonale laksevassdrag.

I de nasjonale laksefjordene vil det ikke være tillatt med nye anlegg for matfiskoppdrett med laksefisk. 13 av de 21 laksefjordene opprettes dessuten som oppdrettsfrie områder. I de nasjonale laksefjordene hvor eksisterende lakseoppdrett fortsatt vil være tillatt, vil anleggene bli underlagt særskilte regler for rømningssikring og helsekontroll.

Ordningen med midlertidige sikringssoner for laksefisk som har eksistert siden 1989 vil bli erstattet av nasjonale laksefjorder. Det innebærer at de sikringssoner som ikke nå opprettes som nasjonale laksefjorder skal oppheves. Det vil likevel ikke bli tildelt noen nye matfiskkonsesjoner i disse områdene før Stortinget har tatt stilling til hvilke bestander og fjordområder som skal inngå i den endelige ordningen.

Forvaltning av de nasjonale laksevassdragene og laksefjordene skal forankres i lov om lakse- og innlandsfisk, oppdrettsloven og vannressursloven. Bestemmelsene som skal gjelde for de nasjonale laksevassdragene og laksefjordene vil bli forvaltet i henhold til dagens ansvarsfordeling mellom statlige myndigheter. Ordningen skal videre være godt lokalt forankret, og det vil derfor bli lagt til rette for at både kommunene og rettighetshaverne bidrar til forvaltningen.

Ordningen skal opprettes i to omganger. Et forslag til supplering og ferdigstilling av ordningen skal legges frem for Stortinget ved våren 2004 samtidig med forslag til supplering av Verneplan for vassdrag og omlegging av Samlet plan for vassdrag.