Flekkeelva ligger i Fjaler kommune i Sunnfjord. Elva er relativt naturlig og det har ikke vært gjennomført større inngrep eller reguleringer. Elva ligger i et naturskjønt område med enkelte gardsbruk, mellom fjell, skogkledde lier, åser og landbruksareal.

Dei siste 8,5 km av Flekkeelva, fra Harefossen til utløp i fjorden, utgjør den anadrome delen av Flekkeelva. På denne strekningen ligger det fire vatn. De siste 2 km opp til fossen er elv. Anadrom del av elva er delt inn i 3 soner. Sone 1 utgjør strykene mellom vann fra utløp i fjorden opp til utløp fra Hovlandsvatnet (inkludert vestside på Hellebust). Sone 2 utgjør elvestrekningen øverst i den anadrome delen, fra Harefossen og ned til utløp i Hovlandsvatnet. Sone 3 utgjør de fire vannene Fløsjøen, Rennestraumsvatn, Breivatn og Hovlandsvatn.