En rekke viktige fiskehabitater ligger ikke i elvens hovedseng, men langs bredden og i elvesletten. En forbindelse mellom hovedløp-sideløp- elveslette er nødvendig for at fisken skal få tilgang til habitatene.
Ved planlegging velges en utforming som gir varige naturtypiske habitater som vedlikeholdes av naturens egne prosesser.
Fjerning eller reduksjon av terskler og demninger gjenskaper den naturlige gradienten i terrenget og kan bidra til vesentlig bedre habitategenskaper.
Et åpent vassdrag kan igjen bli habitat og vandringsvei for fisk. Dette vil som regel medføre en betydelig bedring av økologisk tilstand og minske flomfare.
Kantvegetasjon langs bekker og elver gir skjul og er kilde til organisk materiale, og er med dette en viktig del av næringskjeden.
Stjørdalsvassdragets Elveeierlag, Miljøpartiet De Grønne og Vannregionutvalg Trøndelag sier nei til utfylling av det gamle elveleiet i Stjørdalselva.
Utbygging av havna i Orkdal er i strid med verneregimet for nasjonale laksevassdrag. Det fastslår Klima- og miljødirektoratet (KLD) i sitt svar til Norske Lakseelver.
Norske Lakseelvers landsmøte, som ble avholdt 23/5 2016, krever at beskyttelsesregimet som ligger i nasjonale laksevassdrag og nasjonale laksefjorder må håndheves slik det foreligger i dag og ytterligere forsterkes når regimet skal evalueres i 2017.
Alta kommunes formannskap har bedt administrasjonen om vurdering av muligheten for å justere grensen for nasjonal laksefjord for å gjøre det mulig å plassere et lakseslakteri på Langnes. Nasjonale laksefjorder er vedtatt av Stortinget og kan ikke endres av kommunen.